Tujuan Program Studi Ilmu Perikanan adalah :
- Menghasilkan lulusan Magister yang berwawasan Ilmu Perikanan yang terpadu dan berkelanjutan
- Menghasilkan dan mengembangkan kajian-kajian Ilmu Perikanan untuk mendukung pembangunan dan pengelolaan perikanan yang terpadu dan berkelanjutan
- Melakukan kaji tindak hasil kajian ilmu perikanan yang terpadu dan berkelanjutan untuk kepentingan masyarakat perikanan.